Lo que queda en el editor

Lo que un script no puede alcanzar: zoom, paneles, reproducción, guardado.

El motor es dueño del documento y del contexto de edición. Lo que queda es propio del editor: cómo ves tu trabajo y la aplicación que lo rodea.

Vista: zoom, desplazamiento, cuadrículas, vista en mosaico, papel cebolla. Cómo se muestra el lienzo, no lo que contiene.
Paneles y disposición. El marco de la ventana; no hay nada que un motor sin interfaz pueda mostrar.
Reproducción. Previsualizar la animación. Las duraciones de los fotogramas y las etiquetas sí se pueden controlar por script.
Portapapeles. Es de nivel de aplicación y no se puede deshacer. Los scripts copian con app.getImage / app.putImage y app.moveCels / app.linkCels.
Abrir sprites, proyectos, nombres de sprites, guardar y exportar. Es de nivel de aplicación e irreversible, así que un script compartido no puede cerrar, eliminar ni sobrescribir tu trabajo. Un script edita el sprite abierto, como un solo paso de deshacer.
Importar imágenes de referencia. Un selector de archivos. Las capas de referencia sí se pueden leer y reposicionar.
Las bibliotecas guardadas de pinceles y paletas. Lo que guardaste en tu cuenta; el motor no puede verlo, así que un script solo recibe un elemento cuando su formulario de configuración lo pide y tú lo eliges (campos de pincel y de paleta). Los scripts también definen sus propios pinceles en el motor (app.defineBrush); esos no se guardan ni se añaden a la biblioteca.
La herramienta activa. En el motor las herramientas son comandos (app.drawStroke, app.floodFill, …).